Muzeul Naţional de Istorie a Transilvaniei (MNIT) înființat oficial în data de 1 ianuarie 1963, sub denumirea de Muzeul de Istorie din Cluj, este continuatorul activității muzeale desfășurate de alte două instituții culturale clujene: Societatea Muzeului Ardelean (1859) și Institutul de Studii Clasice din cadrul Universității „Regele Ferdinand I” (1929).

Patrimoniul Societății Muzeului Ardelean a crescut an de an, prin numeroase donaţii particulare, ca și în urma săpăturilor arheologice sau a unor achiziții. În doar câteva decenii de la constituirea sa, asociația dispunea de colecții impresionante de numismatică și antichități, cărți și documente, artă, geologie-mineralogie și științele naturii. 

În anul 1872, după înființarea Universității Regale Maghiare (din 1884: Universitatea Regală Maghiară „Francisc Iosif I”) la Cluj, Societatea Muzeului Ardelean punea la dispoziția acesteia ansamblul colecțiilor sale, fără a renunța însă la dreptul de proprietate asupra acestora.

Pe parcursul secolelor al XIX-lea și al XX-lea, Colecția de numismatică și antichități a Societății Muzeului Ardelean a fost găzduită în diferite clădiri din Cluj, cum ar fi, spre exemplu, vila contelui Imre Mikó (actualul Muzeu de Zoologie din Parcul Hașdeu), clădirea veche și apoi cea nouă a Universității Franz Joseph, iar apoi, din anul 1913, în actualul sediu al Muzeului Național de Istorie a Transilvaniei, clădirea veche de pe strada Constantin Daicoviciu (fostă Bástya, iar apoi General Gherescu).

După Primul Război Mondial și preluarea instituțiilor publice din Transilvania de către statul român, Colecția de numismatică și antichități a Muzeului Național Ardelean a trecut în administrarea Institutului de Arheologie și Numismatică al universității clujene românești, inaugurată în toamna anului 1919, numită ulterior, din anul 1927, Universitatea Regele Ferdinand I.

Între anii 1929 și 1940, Colecția de numismatică și antichități a fostului Muzeu Național Ardelean s-a aflat în grija Muzeului de Antichități de pe lângă Institutul de Studii Clasice. Acesta a fost înființat în cadrul Universității clujene românești, în anul 1929. Patrimoniul Muzeului de Antichități s-a îmbogățit în toți acești ani cu valoroase materiale provenite din săpăturile arheologice de la Costești, Grădiștea de Munte, Ulpia Traiana Sarmizegetusa, Cășei, Bologa etc.

Între anii 1940-1945, în perioada administrației maghiare, colecțiile muzeale au fost îngrijite din nou de Societatea Muzeului Ardelean, iar după încheierea celui de-al Doilea Război Mondial revin din nou la Institutul de Studii Clasice, întors din refugiul său de la Sibiu.

În anul 1949, acest institut s-a transformat într-o secţie a Institutului de Istorie din cadrul filialei clujene a Academiei Române. Muzeul a funcționat în cadrul Academiei Române până în anul 1963, când, la 1 ianuarie, prin Hotărârea Consiliului de Miniştri nr. 1377 din 31 decembrie 1962, a fost înfiinţat Muzeul de Istorie din Cluj, subordonat Comitetului de Stat pentru Cultură şi Artă, avându-l ca prim director pe academicianul Constantin Daicoviciu. Muzeul de Istorie din Cluj și-a consolidat prestigiu ştiinţific şi cultural recunoscut în ţară şi în străinătate.

În anul 1994, muzeul clujean primește titulatura de muzeu de importanță națională, fiind numit de acum înainte Muzeul Naţional de Istorie a Transilvaniei.

În zilele noastre, Muzeul Național de Istorie a Transilvaniei din Cluj deţine un patrimoniu de peste 450.000 de piese. Acestea ilustrează istoria și civilizația Transilvaniei, în strânsă conexiune cu istoria României și a Europei, din epocile preistorice până în perioada contemporană.