Colecţia medievală şi premodernă reflectă istoria Transilvaniei în secolele IX-XVIII, cuprinzând un număr de aproape 30.000 de piese cu origini și funcționalitate extrem de eterogene. Numeroase sunt produsele de cultură materială care provin din cercetările desfășurate sub egida muzeului clujean la obiective arheologice precum cetățile de la Dăbâca sau Moldoveneşti, mănăstirea și castelul de la Vințu de Jos, în numeroase biserici parohiale din regiune sau în puncte de interes pentru istoria orașului Cluj-Napoca.
În cadrul colecției premoderne se păstrează artefacte legate de viața și activitatea principilor Transilvaniei și a celor mai importante familii aristocratice din regiune. Piesele de armament cuprind o varietate de arme albe, arme de foc, armuri și alte piese din arsenalul militar al secolelor trecute. Artefactele legate de evoluția și activitatea breslelor și asociațiilor meșteșugărești sunt păstrate în număr semnificativ și sunt reprezentative pentru o mare parte din Transilvania actuală. Mărturiile de artă plastică și decorativă (grafică, pictură, sculptură, bijuterie, porțelan etc.) și ecleziastică (piese de mobilier, pictură bisericească, icoane și alte obiecte de cult) sunt și ele bine reprezentate.
Subcolecția de textile arheologice, majoritatea scoase la iveală din criptele nobiliare de la Cluj-Napoca (biserica reformată de pe strada M. Kogălniceanu), Luna de Jos (jud. Cluj), Cetatea de Baltă (jud. Alba), Tirimia (jud. Mureș) și Huedin (jud. Cluj), este una dintre cele mai valoroase din această parte a Europei. Cele mai vechi piese de mobilier datează din secolele XV-XVI și sunt realizate în stil renascentist, multe păstrând inclusiv blazoanele proprietarilor nobili anteriori.
