Colecția de istorie modernă deține un număr de peste 20.000 de bunuri culturale care ilustrează istoria şi civilizaţia spaţiului multietnic şi pluriconfesional al Transilvaniei, dar și a întregului continent european, în secolul al XIX-lea şi în primele decenii ale veacului următor. Printre aceste bunuri culturale se regăsesc o serie întreagă de obiecte provenite din colecţii de documente, arme, artă decorativă, știință și tehnică, gravuri, carte veche şi alte tipărituri.

De o importanță deosebită în cadrul colecției se bucură obiectele personale ale unor personalităţi politice, militare sau culturale din epocă, așa cum sunt cele ale revoluţionarilor români şi maghiari de la 1848 (Avram Iancu, Lajos Kossuth, Sándor Petőfi etc.), cele legate de personalitatea lui Alexandru Ioan Cuza, a suveranilor României, Carol I, Ferdinand I și regina Maria, a memorandistului Ioan Raţiu, a conților Imre Mikó și Géza Kuun, a contesei Ottilia Wass.

Colecția de istorie modernă cuprinde și un număr impresionant de documente referitoare la mişcarea naţională a românilor, cum ar fi exemplarul tipărit al Memorandului, manuscrise, documente referitoare la istoria muzeului.

Dintre principalele tipuri de artefacte amintim armele albe şi de foc, sigiliile, steagurile, insignele şi decoraţiile, precum și diverse piese de uniformă și echipament militar din timpul Revoluţiei de la 1848 şi din perioada Primului Război Mondial.

Printre comorile materiale din cuprinsul colecției de istorie modernă se numără piese de mobilier și textile, piese de orologerie, precum și câteva sute de obiecte decorative din porţelan, faianță, sticlă, argint sau metal comun, datând din secolul al XIX-lea și de la începutul secolului XX, aparținând cu precădere unor centre de producţie europene (germane, cehe, franceze, austriece sau maghiare). Un număr important de bunuri culturale de această factură provin din donațiile contesei Ottilia Wass și ale contelui Géza Kuun, susținători ai vieții culturale și muzeale clujene, care prin donațiile lor către fostul Muzeu Național Ardelean, efectuate la cumpăna secolelor XIX-XX, ne-au lăsat moștenire adevărate tezaure culturale.

Alte bunuri culturale importante din cadrul colecției de istorie modernă sunt cele care ilustrează dezvoltarea economică a Transilvaniei, dar și viața urbană, cultura și știința din cuprinsul acestei provincii istorice. Astfel, colecția de istorie modernă cuprinde obiecte din sticlă provenite din glăjării ardelene (Porumbacu, Pădurea Neagră, Bicsad, Cucuiş), ceramică produsă în principalele manufacturi şi fabrici de profil din Transilvania (Batiz, Cluj, Brașov), dar și monede, bancnote, anuare financiare, acţiuni, reprezentative pentru activitatea financiară şi bancară, obiecte care ilustrează domeniul transporturilor şi al comunicaţiilor, sigilii poştale, paşapoarte.

Realizările culturii și științei transilvănene sunt oglindite de instrumente muzicale, sigilii ale unor asociaţii culturale, afişe de teatru, aparate fotografice, aparatul experimental de zbor construit în 1896 de către profesorul clujean Lajos Martin, velocipede, aparate de redare şi înregistrare a sunetului etc.

Nu în ultimul rând, colecția de istorie modernă deține un număr important de gravuri din secolul al XIX-lea, cărţi poştale și fotografii de epocă, precum și peste 1500 de clişee pe sticlă realizate de fotograful clujean Ferenc Veress.

O mare parte a acestor colecţii de piese cu caracter artistic sau funcţional din patrimoniul compartimentului de istorie modernă au un caracter omogen, datorat fie donaţiilor iniţiale (colecţii cu caracter istoric), fie unei activităţi sistematice de achiziţii, realizată de muzeul de istorie clujean de-a lungul timpului. Printre colecţiile cu caracter istoric le amintim pe cele ale fostului Muzeu Național Ardelean, ale Muzeului de Relicve ale Revoluţiei de la 1848, ale Muzeului Industrial „Francisc Iosif I” din Cluj sau ale Societăţii Carpatine Ardelene din Cluj.